Изграждането на митрополитския дом на Неврокопска митрополия започва още през 1999 година, когато старата сграда изгоря за една нощ.
Още на следващата година митрополит Натанаил възлага на един от най-добрите архитекти в България по това време – арх. Димов, проекта за нова сграда на Неврокопска митрополия, като заданието му било тя да бъде най-впечатляваща сред църковните сгради в България.
Такъв проект изготвя покойният вече архитект, който не успява да види прекрасното си творение завършено.
Строежът тръгва бързо и сградата за няколко години е покрита, осанката й е внушителна, а по архитектурен облик Неврокопска митрополия си съперничи с най-значимите институционални сгради в България, като размерът й дори надминава този на Духовната семинария в София.
В сградата ясно отчетлив е ортодоксалният готически стил, от който явно е повлиян.
Митрополит Натанаил дава пусков срок за духовната обител Стефановден 2011 година, но предвиденият бюджет за довършването на ювелирния проект се налага да бъде пренасочен. Неврокопска епархия изненадващо се намесва в сделката за хотелски комплекс „Неврокоп“ и го купува, което замразява строежа. Следват тъжни години, в които Неврокопският митрополит Натанаил се бори с тежко заболяване, което го сломява, и той е погребан в двора на своята рожба – сградата на Неврокопска Митрополия.
Новият етап в строителството и довършването на сградата настъпва при новия Неврокопски митрополит – Серафим, който е ученик на Дядо Натанаил.
Малко известен е фактът, че преди да стане духовник, митрополит Серафим завършва ландшафтна архитектура. Той наема група млади архитекти, които да визуализират неговите идеи за допълване орнаментиката на фасадата.
Това са арх. Георги Витанов, който е ръководител на екипа и е родом от град Гоце Делчев, арх. Цокова и арх. Николова. Невероятните мозайки пък са дело на сръбския скулптор Милан Филипович.
Така след 20-годишна строителна сага днес новата сграда на Неврокопска митрополия накрая засиява с красотата си. Сградата вече е домакин на различни културни събития в града.
